課程資訊
課程名稱
癌症系統生物學
Cancer Systems Biology 
開課學期
103-2 
授課對象
電機資訊學院  生醫電子與資訊學研究所  
授課教師
阮雪芬 
課號
MCB5032 
課程識別碼
B43 U1470 
班次
 
學分
全/半年
半年 
必/選修
選修 
上課時間
星期二5,6(12:20~14:10) 
上課地點
生科4A 
備註
必須先修過生物化學及分子細胞學
總人數上限:30人 
Ceiba 課程網頁
http://ceiba.ntu.edu.tw/1032MCB5032_sb 
課程簡介影片
 
核心能力關聯
核心能力與課程規劃關聯圖
課程大綱
為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
課程概述

這門課主要介紹最新的系統生物學發展及其應用於癌症相關研究。系統生物學是在生物學上一個新興的領域,它著重於以系統的觀點來了解生物系統的運作。由於高通量藥物合成、蛋白質體、微陣列、次世代定序及生物資訊技術的發展,使得系統生物學的研究愈發可行了。生物轉變的整體研究將能加快闡明生化路徑及疾病治療的速度。除此之外,系統生物學也著重於描述和了解複雜的生物系統如何運作以及發展預測人類疾病的模式。本課程主要以系統生物學探討藥物在癌細胞的作用機制,內容包括各蛋白質間交互作用的預測和建構、基因網絡的模擬和建構,及微型 RNA 於其調控的蛋白質間交互作用及網路關係,期望進一步達到開發抗癌新藥的目地。學生需要進行分組討論, 上台報告並撰寫期末報告。 

課程目標
本課程主要讓學生了解系統生物學所用到的高通量技術,並讓學生了解系統生物學如何加速癌症學上的研究及藥物的開發,藉由了解這些知識後能夠幫助學生應用在他們自己的研究上。除此之外,學生也將會學習如何撰寫評論文章。 
課程要求
必須先修過生物化學及分子細胞學 
預期每週課後學習時數
 
Office Hours
另約時間 
指定閱讀
1. Text book:
Systems Biology: Applications in cancer-related research, ed. by Hsueh-Fen
Juan and Hsuan-Cheng Huang (World Scientific Publishing, Singapore), 2012.
2. Journal Papers 
參考書目
 
評量方式
(僅供參考)
 
No.
項目
百分比
說明
1. 
平時報告及表現 
30% 
 
2. 
期中口頭報告 
30% 
 
3. 
期末報告 
40% 
紙本報告 (Deadline: 6/09) 
 
課程進度
週次
日期
單元主題
第1週
2/24  Introduction to systems biology 
第2週
3/03  Gene network construction for molecular regulation (Group 3) 
第3週
3/10  MicroRNA regulated cellular networks in cancer (Group 2) 
第4週
3/17  Disease-related modules in protein interaction networks (Group 3) 
第5週
3/24  Biomolecular pathway modeling (Group 1) 
第6週
3/31  Methods and systems for ChIP-seq data analysis (Group 2) 
第7週
4/07  Discovery of transcription factor binding sites and its applications in cancer study (Group 3) 
第8週
4/14  Cancer epigenomics (Group 4) 
第9週
4/21  期中口頭報告 
第10週
4/28  Cancer phsophoproteomics: Tools and emerging applications for mining the phosphoproteome in cancer biology (Group 2) 
第11週
5/05  Predicting cancer-related microRNAs (Group 4) 
第12週
5/12  MicroRNA regulation: databases and tools (Group 1) 
第13週
5/19  Next-generation sequencing technologies and their applications in cancer research (Group 1) 
第14週
5/26  Membrane proteomics for the opportunity of cancer biomarker and drug target discovery (Group 1) 
第15週
6/02  Structure-based systems biology and drug design in cancer research (Group 2) 
第16週
6/09  Discovering drug targets for cancer therapy (Group 3 & 4) 
第17週
6/16  期末報告討論 
第18週
6/25  期末報告繳交